Δίπλα στο Τμήμα των Οικονομικών φυτών εντοπίζεται και το Τμήμα Φαρμακευτικών φυτών. Από τα φαρμακευτικά φυτά ξεχωρίζουν ο περίφημος δίκταμος της Κρήτης (Origanum dictamnus), ο μανδραγόρας (Mandragora autumnalis), το βάλσαμο (Hypericum perforatum), η δακτυλίτιδα (Digitalis purpurea), η μπελλαντόνα (Atropa belladonna), το νεκρολούλουδο (Calendula officinalis), ο απήγανος (Ruta chalepensis), η φασκομηλιά (Salvia officinalis), το δενδρολίβανο (Rosmarinus officinalis), η λουΐζα (Lippia citriodora), το χαμομήλι (Chamomilla recutita), η ματζουράνα (Origanum majorana), η αγγελική (Angelica archangelica), η βαλεριανή (Valeriana officinalis), η εφέδρα (Ephedra foeminea), οι ρολογιές (Passiflora spp.), η λεβάντα (Lavandula angustifolia), η ρετσινολαδιά (Ricinus communis), η αψιθιά (Artemisia absinthium), το τζίτζερ (Zingiber officinalis), η αλόη (Aloe vera), η τιλιά (Tilia cordata) και πολλά άλλα, γνωστά ή μη, πολύτιμα είδη φυτών.
