Τέλος, στο φυτώριο φιλοξενούνται ενδημικά, σπάνια και απειλούμενα φυτά της Ελληνικής Χλωρίδας, τα οποία μελλοντικά θα μεταφερθούν στο ομώνυμο νέο τμήμα του Κήπου, καθώς και διάφορα άλλα είδη που διατηρούνται με σκοπό την αντικατάσταση τυχόν απωλειών από τα ήδη υπάρχοντα. Επίσης υπάρχει και μια συλλογή από φυτά, τα οποία παραμένουν στο χώρο αυτό με σκοπό την προστασία τους.
Το φυτώριο είναι ο κατεξοχήν χώρος φύτρωσης των σπερμάτων και καλλιέργειας μοσχευμάτων με σκοπό τον εμπλουτισμό των συλλογών του Κήπου. Τα σπέρματα, είτε συλλέγονται από το προσωπικό του Κήπου από διάφορα σημεία της Ελλάδος, ή προέρχονται από ανταλλαγές σπερμάτων με περισσότερους από 300 Βοτανικούς Κήπους ανά τον κόσμο, με τους οποίους το Ίδρυμα διατηρεί επικοινωνία στέλνοντας καταλόγους διαθέσιμων σπερμάτων και λαμβάνοντας αντίστοιχους από αυτούς.